Analys av biobanksprov

I Västra Götaland finns flera plattformar som erbjuder analyser och expertis för biologiska prov. Innan en provinsamling startar är det bra att bestämma vilka analyser man vill göra och anpassa provtyp och alikvotering efter det. Nedan presenteras de plattformar som finns på Sahlgrenska Universitetssjukhuset, Göteborgs universitet och Chalmers.

Laboratoriemedicin

Laboratoriemedicin består av verksamheterna Klinisk immunologi och transfusionsmedicin, Klinisk kemi, Klinisk mikrobiologi, Klinisk patologi, Klinisk genetik och genomik och Tillväxtlaboratoriet.

Prov kan analyseras direkt eller i efterhand.

Besök webbsidorna för mer information >>

Clinical Genomics Göteborg

Tjänster	Next Generation Sequencing
Provtyper	DNA, RNA
Volymer, informat	10-50 µl beroende på applikation och provkoncentration
Överlämnas i formatet	Provrör eller 96-hålsformat
Antal prover	Vanligast 10-150

Besök webbplatsen för mer information >>

Translationella Genomikplattformen

Tjänster	Extraktion av cellfritt DNA (cfDNA) Kvalitetskontroll av cfDNA
Provtyper	Serum och plasma Streck, Norgen Biotek och EDTA-plasma
Volymer, informat	1 ml - 4 ml plasma eller serum
Överlämnas i formatet	1,5 – 2 ml mikrocentrifug-rör eller kryorör
Antal prover	Från enstaka upp till ett par hundra rör

Läs mer om Translationella Genomikplattformen >>
Kontakt: Anders Ståhlberg, anders.stahlberg@gu.se

Proteomics Core facility, Göteborgs universitet

Tjänster	Proteomik analys med mass spektrometri. • Studiedesign • Proteinidentifiering • Proteinkaraktärisering av modifieringar så som glykosylering och fosforylering • Interaktionsanalyser mellan proteiner eller RNA-protein • Protein kvantifiering för att identifiera biologiska processer och biomarkörer genom att studera skillnader i proteinuttryck mellan grupper.
Provtyper	Alla typer av biologiska material eller proteinextrakt Exempelvis vävnadsbiopsier (färskfrusen eller FFPE), plasma/serum/likvor/urin/saliv, celler, cellmedium, isolerade organeller och exosomer.
Volymer, informat	Beroende på material och applikation, material motsvarande ca 10-300 µg proteinextrakt. • Färskfrusna biopsier och celler, 25-75 µl tvättade med PBS före frysning för att avlägsna kontaminerande blod och cellmedium • Från µl till ml för urin/saliv/cellmedium centrifugerat före frysning för att avlägsna kontaminerande celler/partikulärt material och plasma/serum/likvor.
Överlämnas i formatet	1.5 - 2 ml Eppendorfrör
Antal prover	Allt från 1 till 200 prover

Besök webbplatsen för mer information >>

NMR-centrum

Tjänster	Automatisk lipoproteinprofilering (serum/plasma) och metabolitkvantifiering (även i urin). Allt från hjälp med studiedesign, provhantering, NMR experiment till statistisk analys av NMR data.
Provtyper	Serum/plasma, urin, saliv, CSF, biovätskor i allmänhet och homogenat/extrakt av vävnader/organismer.
Volymer, informat	Minimal volym för serum och plasma är 100 µl men rekommenderar 300 µl. Minimal volym för urin och CSF är 200 µl men rekommenderar 500 µl. Övriga matriser efter överenskommelse.
Överlämnas i formatet	96-hålsplatta, alternativt i 2 ml kryorör med skruvlock, diameter 10.8 mm. Inte 1,5 ml Eppendorfrör! Leverans i fryst form, frysplats i -80˚C tills analysen görs.
Antal prover	Allt från 20-tal till 2-3000 prover

Besök webbplatsen för mer information >>

Chalmers Mass-spectrometry Infrastructure

Tjänster	Både kvantitativ och kvalitativ analys av små molekyler med hjälp av ett antal olika mass-spektrometrar. Metabolomics och lipidomics.
Provtyper	Provtyper är metod-beroende. Oftast: blod, feces, urin, vävnad, mat och fermenterade prover.
Volymer, informat	Volymen är metod-beroende Som exempel, för metabolomics krävs 50-100 ul blodplasma.
Överlämnas i formatet	Rör eller plattformat
Antal prover	Projektberoende, men normalt 50-250 prover. Handhar även projekt med tusentals prover.

Besök webbplatsen för mer information >>
Kontakt: cmsi@chalmers.se

Senast uppdaterad: 2022-07-11 12:46